As Nove Escolas (Ryu) praticadas na Bujinkan

• Togakure-ryū Ninpō Taijutsu
  Esta é talvez o mais famoso estilo de Ninjutsu praticado na atualidade e dos poucos existentes. Esta escola foi fundada no princípio do século XII por Togakure Daisuke. Esta escola é famosa pelo uso de armas como o Shuriken e os Shukos. Togakure-ryū utiliza técnicas de manipulação e intimidação mental. Esta escola é especialista também em Koshijutsu e Dakentaijutsu.
• Gyokko-ryū Kosshijutsu
  Esta escola foi fundada em meados do século XII por Tozawa Hakunnsai. Pensa-se que esta escola teve sua origem na China no Século IX. A especialidade desta escola é o Koshijutsu que utiliza técnicas de ataque aos pontos vitais e órgãos. Esta escola tem uma forte ligação com o Kenpō Chinês. Esta escola é a mais antiga do sistema da Bujinkan e é a base de muitas artes marciais de Bujutsu e Ninjutsu da região de Iga.
• Kuki Shinden Happō Bikenjutsu
  Foi fundada por meados do século XIII Izumo Kanja. Esta escola é uma escola basicamente de guerra e utiliza diversas armas, é famosa pelo uso de Naginata (alabarda), Yiari (lança), Bo (bastão), Shuriken (lâminas de arremeço), mas a sua especialidade era mesmo no uso da espada.
• Shinden Fudō-ryū Dakentaijutsu
  Esta escola foi fundada no principio do século XII por Izumo Kanja. A especialidade desta escola é o Dakentaijutsu. Nesta escola utiliza-se somente os princípios da natureza , como tal não existe posições.
• Gyokushin-ryū Ninpō
  Esta escola foi fundada no século XV por Sasaki Orouemon Akiyari. Gyokushin-ryū é conhecida pelo uso de Nagenawa (laço).
• Kotō-ryū Koppōjutsu
  Foi fundada no século XVI por Toda Sakyo. As especialidades desta escola são o Koppōjutsu (técnicas para partir ossos) e Kyusho (pontos de pressão). Esta escola utiliza uma técnica de espada pouco usual, maguetsu no kamae.
• Gikan-ryū Koppōjutsu
  Foi fundada em meados do século XV por Sasaki Orouemon Akiyari. A especialidade desta escola é o Koppōjutsu. Esta escola utiliza também técnicas de Koshijutsu.
• Takagi Yōshin-ryū Jūtaijutsu
  Foi fundada no século XVI por Takagi Oriemon Shigenobu. A especialidade desta escola é o Jūtaijutsu, técnicas eficazes e rápidas de projeções, imobilizações, chaves e estrangulamentos. Este estilo utiliza também técnicas de fuga.
• Kumogakure-ryū Ninpō
  Esta escola foi fundada em meados do século XV por Iga Heinaizaemon. Esta escola é famosa pelo uso de máscaras demoníacas para assustar o inimigo e também pelo uso de Kamayari (corrente e foice). Kumogakure-ryū é especialista em técnicas de salto e em técnicas de sobrevivência.